Управление муниципального казенного образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей "Верх-Чебулинский районный детский дом" осуществляется в соответствие  с законодательством Российской Федерации и Уставом учреждения. Управление МКОУ "Верх-Чебулинский районный детский дом" осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом учреждения является директор МКОУ "Верх-Чебулинский районный детский дом", который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения.

        В учреждении сформированы коллегиональные органы управления, к которым относятся: общее собрание работников учреждения, педагогический совет, предусмотренные уставом муниципального казенного образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей "Верх-Чебулинский районный детский дом".  

       Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления учреждением, порядок принятия ими решений и выступления от имени учреждения устанавливаются уставом муниципального казенного образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей "Верх-Чебулинский районный детский дом" в соответствии с законодательством Российской Федерации.